Areal perairan Taman Nasional Ujungkulon seluas 44.337 ha, meliputi perairan Semenanjung Ujung Kulon dan perairan sekitar Panaitan merupakan wilayah yang sering dijadikan tempat berlindung bagi kapal-kapal nelayan serta pengambilan ikan dengan bom yang menyebabkan rusaknya terumbu karang.

Selain terumbu karang, ada beberapa spesies unik lainnya yang terdapat di wilayah perairan ini yang perlu dipertahankan keberadaannya, seperti penyu, duyung, serta berbagai ikan hias ,ikan konsumsi,dan rumput laut yang kesemuanya saling terkait di dalam satu wilayah perairan.

Dengan mempertahankan kelestarian terumbu karang serta spesies unik lainnya, maka juga sekaligus mempertahankan keberadaan jenis-jenis biota laut lain yang hidup di habitat tersebut.